Наёмнику Шраму в конце игры даётся задание «остановить Стрелка», а фактически убить его. И вполне вероятно, что КПК Шрама попал Меченому, когда того отвозили на «грузовике смерти» (хотя в одной из концовок S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl такая запись объясняется тем, что система «зомбирования» агентов О-сознания дала сбой и «запрограммировала» Стрелка — найти и убить Стрелка).
На вопрос о слухах в Зоне NPC может ответить, что сначала фанатики Монолита просто не пускали в центр Зоны сталкеров, но потом, после того как группировка Монолит на некоторое время пропала, из центра зоны вышла агрессивная группа сталкеров, стрелявших во всех без разбору и не шедших на переговоры. Вполне вероятно, что им «промыло» мозги «О-Сознание». В конце игры Стрелка и ещё нескольких сталкеров, а возможно и Шрама зомбируют специальными мониторами. Вполне вероятно, из Стрелка хотели сделать «монолитовца», но что-то у них провалилось (как говорится в предыдущей игре, он стал опасен для О-Сознания).
На экранах мониторов можно заметить стандартные консоли и файлы с названиями вроде crovosos, limansk и т. п.
Город Лиманск создавался по реальным фотографиям Киева, есть там один район, рядом с метро Черниговская. Разработчики игры специально туда ездили и фотографировали дома. Им хотелось видеть Лиманск не городом перестройки, а этаким «пятидесятником», как будто застрявшим в середине столетия. Здесь и реальная детская площадка. И уличные почтовые ящики. И даже таблички на домах.
В Shadow of Chernobyl Призрак говорит, что Клыка застрелил наёмник с «Винторезом» и шрамом на лице. Есть мнение, что это Шрам. Но существует одна нестыковка: в приквеле командир «Чистого Неба», Лебедев, говорит, что он пошлет своих ребят убрать Клыка и Призрака, а Шрама посылает в погоню за Стрелком через Лиманск. Он говорит: «С этими двумя мы справимся сами». Видимо, у Шрама в Зоне есть близнец. Или просто похожий сталкер, или у него раздвоение личности.
Во вступительном видеоролике в начале, большая псевдособака поедает труп другой псевдособаки. Вполне вероятно, что это собака Болотного Доктора, так как очень похожа на нее.
В этом же видеоролике показано как Шрам сопровождает ученых, всю группу накрывает выбросом, и в результате выброса Шрам теряет свой «Винторез». Этот «Винторез» можно найти в северной части локации «Болота», ориентир — железнодорожные вагоны.
В «Чистом Небе» не обошлось без вырезов. Исчезла локация «Подземелья Припяти» и обещанные там бюреры. Были вырезанны группировки «Последний день», «Грех». В игру так и не попало «привыкание к оружию», наподобие механики геймплея в Операция Silent Storm. Не попали многие виды оружия, в том числе и М-134 «миниган», хотя он есть в нижней части главного меню.
В книге Алексея Степанова «Дезертир», вышедшей задолго до S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl, упоминаются такие знакомые по «Небу» места — Болота и Госпиталь, а также Болотный Кровосос, только в книге он еще и зомбирует людей.
В конце показывается ролик с полуживым Меченым. У него уже есть аббревиатура S.T.A.L.K.E.R. События Shadow of Chernobyl разворачиваются спустя год, после событий «Чистого Неба». Где он был целый год, осталось загадкой.
На Военных складах в Деревне Кровососов внутри водонапорной башни в «Чистом Небе», лестница железная-приставная, просто привареная к стене. А В «Shadow of Chernobyl» лестница винтовая, с пролетами.
В Лиманске, в одном из подвалов можно найти «Машину времени» из фильма «Гостья из будущего».
На карте Зоны «Shadow of Chernobyl» рядом с Кордоном расположен завод «Росток», а в «Небе» на его месте находятся Болота. «Ростком» условно считается территория вырезанного из приквела Бара. Изначально Болота планировали севернее «Ростка». На карте «Теней» можно найти очертания локации.
В оригинале, когда Меченый приходит к Сахарову, чтобы спросить о Стрелке, тот заявляет, что знать не знает, кто такой Стрелок. А в «Чистом Небе» в ответ на вопрос Шрама о Стрелке Сахаров рассказывает как Стрелок умыкнул у него прототип пси-шлема. Если учесть, что Меченый и Стрелок — это одно и то же лицо, то получается, что Сахаров страдает амнезий в последней ее стадии. Иначе как он мог забыть человека, который потерял результат его трудов?
В районе НИИ «Агропром», где обосновалась группировка «Долг» играет музыка из других проектов GSC — «Герои уничтоженных империй» и «Казаки 2».
Псевдособаки научились воздействовать на психику. До появления Меченого дожила только одна (можно встретить на Радаре).
В Чистом небе три вида детекторов, и они не бесплатны. В Тени Чернобыля есть только один вид, и он встроен в комбинезоны.
В «Тени» было пять слотов для артефактов в любом костюме. В «Небе» пять слотов — максимум, которого можно добиться через апгрейды; на некоторых куртках нет ни одного слота (Куртка новичка).
В книге «Сердце Зоны» (операция «Чистое Небо») говорится, что «Чистое Небо» было почти уничтожено, Стрелка заказали наёмнику (Шраму), который пропал после 3-й экспедиции Стрелка к ЧАЭС, и Стрелок (тогда уже Меченный) уничтожает «замаринованных» членов «О-Сознания», но только «на верхних уровнях».
В заключительном видеоролике, когда Шрама зомбирует экран, среди разных картинок на нем показанных, можно увидеть голову кровососа.
На АТП, над аркой, в оригинале висела табличка «Автокооператив „Локомотив“». В «ЧН» эта же табличка гласит: Регистрация «маршрутов».
В отличии от Меченого, Шраму совершенно не требуется есть — еда нужна только как «мини-аптечка».
На базе нейтралов на Кордоне с двумя фермами сталкеры укрепились основательно: наставили баррикад из авто, соорудили тюрьму, приволокли кучу всяческих примочек, даже ковёр повесили над кроватью. Через год на этих фермах не остаётся ровным счётом ничего. Голые стены, и 3-4 сталкера.
На локации НИИ «Агропром», где обосновались «Должники», можно найти здание, в котором располагаются чучела всех мутантов, в том числе и чучело гигантской кошки. Хотя эту кошку разработчики из игры вырезали.
На НИИ «Агропром», на базе «Долга» раздается голос, призывающий вступить в клан. Голос этот бармена «Сто Рентген» Лоцмана, и зазывалка такая же. Но ни Бара, ни самого бармена в игре нет.
В игре присутствуют только два «новых» мутанта — болотная тварь и пси-собака. Изначально же разработчики обещали восстановить всех вырезанных из «Теней» мутантов.
В «Чистом Небе» можно заметить одну интересную деталь. Если зайти к Сидоровичу, то видно что он — лысый. Однако в «Тенях» у него на голове волосы. Это означает, что либо разработчики ошиблись, либо Сидорович носит парик, либо же так на него подействовала Зона.
В игре говорится, что напарник Стрелка, Клык, покупал у диггеров специальные осветительные приборы. Однако не говорится зачем. Есть мнение, что группа Стрелка собиралась идти через подземелья Припяти. Локация действительно планировалась, но в итоге была вырезана из игры.
Имена военных в оригинале составляли пару «звание — фамилия» (например: майор Кузнецов), в дополнении же военные именуются по паре «имя — кличка», как у вольных сталкеров.
В северной части локации Рыжий Лес можно найти тело убитого отца Валерьяна, что не мешает ему быть предводителем сталкеров на локации Кордон.
На базе нейтралов на НИИ Агропром у заднего выхода найдите пролом в стене и полезайте в него. Подойдите к люку и смело спускайтесь вниз. Под землёй сидит сталкер Отшельник, у него можно даже взять квест…
На северо-западе локации Болота можно найти отличный секрет. Около объекта ТУЗЛА, разрушенного железнодорожного моста, можно найти дыру в заборе, затем найти пещерку. Под углом матраса лежит детектор «Велес», лучший в игре! Но не торопитесь уходить — в этом же помещении лежит артефакт «Грави», который найти без «Велеса» невозможно.
Как известно, игра имеет одну концовку: Шрам пробивает пси-защиту Стрелка и происходит Выброс. Потом Стрелка зомбируют агенты «О-Сознания» и игра заканчивается. Но, оказывается, разработчики вырезали вторую концовку. На ЧАЭС повсюду разбросаны порталы. Один из них по задумке должен телепортировать Шрама к одному из зданий, где засели шесть «монолитовцев». Но он телепортирует туда, откуда вы пришли. Так вот, можно обмануть игру и миновать портал по перилам лестницы, у которой он располагается. Тогда Шрам попадает к зданию, убивает «монолитовцев» и вам показывают ролик: Стрелок стреляет в вас и вы умираете от пулевого ранения. И сразу же игра вылетает.
В игре говорится, что город Лиманск был засекречен и знали о его существовании только единицы. А узнали о нем только после Сверхвыброса, спровоцированного группой Стрелка. Но на многих локациях, например, на базах группировок можно встретить плакаты с надписью «Посетите наш солнечный город Лиманск».